Urodzony 27 lipca 1879 roku w Królewskiej Hucie, był synem maszynisty kopalnianego, działacza i poety – Jana Ligonia i Reginy z Podstawów i wnukiem kowala-poety Juliusza Ligonia. Ojciec i dziadek swoją pracą literacką, a także kultywowaniem i rozwijaniem patriotycznych tradycji dobrze się zapisali w historii Górnego Śląska.
Naukę rozpoczął w 1884 roku w szkole podstawowej w Samborze. Jego rodzice zmuszeni byli się tam przeprowadzić, gdyż ojciec stracił pracę ze względu na działalność narodową. Pięć lat później rodzina powróciła na Śląsk. Zamieszkali w Rozbarku, gdzie Stanisław ukończył szkołę powszechną i zaczął pracować jako goniec w księgarni, a następnie w zakładzie malarskim. W późniejszym okresie uczęszczał do krakowskiej szkoły artystyczno-przemysłowej, a w roku 1900 rozpoczął, połączone z pracą kulturalno-społeczną wśród Polonii, studia malarskie w Berlinie. Poznał wtedy m.in. działaczy politycznych – redaktora „Gazety Robotniczej” Franciszka Morawskiego z PPS, Stanisława Wojciechowskiego, Emila Caspariego, a także pisarzy i artystów, m.in. Stanisława Przybyszewskiego, Stanisława Wierusz-Kowalskiego.
Po powrocie na Górny Śląsk w latach 1904-1911 pracował jako malarz-ilustrator, m.in. ilustrował książki wydawnictwa Karola Miarki – syna w Mikołowie. W Mikołowie także był prezesem Towarzystwa Śpiewaczego „Harmonia”. Zbliżył się również do ruchu teatrów amatorskich. Reżyserował, grał, projektował dekoracje, organizował wieczory artystyczne. W 1911 roku przeniósł się do Krakowa na dalsze studia w Akademii Sztuk Pięknych; był m.in. uczniem Jacka Malczewskiego oraz Józefa Mehoffera.
W latach 1914–1917 Stanisław Ligoń przebywał w Truskolasach. Namalował wówczas polichromię w kościele św. Mikołaja. Założył tam także polską szkołę, w której uczył razem z żoną oraz amatorski zespół teatralny. W „Domu Ludowym” zorganizował bibliotekę i salę teatralną. Pisał sztuki, przygotowywał je jako reżyser i scenograf, sam grał po kilka ról w jednym przedstawieniu. W 1917 roku został wcielony do niemieckiego wojska i skierowany do Flandrii.
W 1921 roku pracował w Wydziale Prasowym Polskiego Komisariatu Plebiscytowego w Bytomiu. Zajmował się działalnością propagandową, wykorzystywał swoje artystyczne umiejętności do tworzenia plakatów, ulotek i pocztówek.
Wtedy też związał się z polityczno-satyrycznym pismem „Kocynder”, na którego łamach publikował cięte, propagandowe karykatury, opatrzone dosadnymi podpisami antypruskimi. Posługiwał się tam kryptonimem St.L., lub Karlik z „Kocyndra”. To dzięki tej pracy Ligoń stał się popularny, a rysunki ujawniły skalę jego talentu.
Po podziale Górnego Śląska Ligoń przeniósł się do Katowic i w latach 1923–1928 był nauczycielem rysunku w gimnazjum im. Adama Mickiewicza. Jednocześnie współpracował jako scenograf z Teatrem im. Stanisława Wyspiańskiego w Katowicach. W tamtym okresie napisał głośne widowisko regionalne „Wesele na Górnym Śląsku”, które w 1930 roku wystawił wraz z A. Kubiczkiem. Jako kierownik Związku Śląskich Teatrów Ludowych zorganizował wojewódzką kostiumernię i bibliotekę teatralną, otoczył opieką terenowe sceny teatralne i teatry lalkowe.
Stanisław Ligoń był prezesem Związku Zawodowego Artystów Plastyków w Katowicach, działał również w Radzie Muzealniczej przy tworzącym się Muzeum Śląskim.
Był aktywnym radiowcem. Po raz pierwszy stanął przed mikrofonem 25 grudnia 1927 roku. Prowadził stałe audycje: „Bery i bojki”, „Przy sobocie po robocie”, „Co niedziela u Karlika brzmi pieśniczka, gro kapela”. Kontynuacją tych audycji w latach 50. była „Radiowa czeladka”. Posługiwał się spolszczoną „godką” górnośląską. Od stycznia 1934 roku aż do wybuchu II wojny światowej był dyrektorem katowickiej rozgłośni Polskiego Radia. Koncentrował się na audycjach regionalnych i satyryczno-politycznych skierowanych przeciwko hitlerowskiej propagandzie. Sporą popularność przyniósł mu m.in. cykl, prezentujących śląski folklor, antyhitlerowskich audycji słowno-muzycznych „Bery i bojki śląskie”, „Przy żeleźnioku”, („U Karlika gro muzyka”). Cieszyły się one wielkim powodzeniem nie tylko na Śląsku, ale i w całym kraju.
W wyborach parlamentarnych w 1935 roku został wybrany, z listy Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem, posłem na Sejm IV kadencji (1935–1938) 53461 głosami z okręgu nr 69, obejmującego powiat katowicki. W trakcie trwania kadencji pracował w komisji oświatowej.
W okresie międzywojennym był wielokrotnie odznaczany: Medalem Niepodległości w 1931 roku, 9 listopada 1931 roku – Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski „za zasługi na polu sztuki i literatury”, Srebrnym Krzyżem Zasługi, Złotym Krzyżem Zasługi, Śląskim Krzyżem Powstańczym, Krzyżem na Śląskiej Wstędze Waleczności i Zasługi, a 4 listopada 1937 roku – Srebrnym Wawrzynem Akademickim i Złotym Wawrzynem Polskiej Akademii Literatury.
Jako „Karlik z Kocyndra ”był nadzwyczaj popularny. 30 kwietnia 1939 roku, gdy na antenie zaapelował o datki na „żeleźniok Karlika”, czyli na karabin maszynowy dla polskiego wojska, odzew był tak ogromny – wiwatujące tłumy przyniosły pod rozgłośnię tak dużo pieniędzy, że starczyłoby podobno na czołg i samolot.
1 września 1939 roku wyjechał do Warszawy, stamtąd do Lublina, a później na Węgry, gdzie współpracował z Henrykiem Sławikiem, a następnie do Jugosławii, gdzie do 1941 roku pracował w Komitecie ds. Uchodźców Polskich. Następnie przez Cypr i Turcję dotarł do Palestyny i zamieszkał w Jerozolimie. Zajmował się tam działalnością malarską i literacką, m.in. wydał skróconą edycję „Berów i bojek” oraz szkice Śląska Ojczyzna. Był m.in. członkiem delegatury Rządu RP na uchodźstwie ds. opieki nad wychodźcami. Pisał, prowadził audycje radiowe, wydał skróconą edycję „Berów i bojek” oraz szkice Śląska Ojczyzna.
Po wojnie, we wrześniu 1946 roku powrócił do pracy w Radiu Katowice. Zorganizował „Czelodkę Radiową”, z którą występował m.in. w audycjach „U Karliczka brzmi pieśniczka” oraz „Przy sobocie po robocie”.
Od 1949 roku był członkiem Związku Literatów Polskich.
Zmarł w Katowicach (wówczas Stalinogrodzie) 17 marca 1954 roku. Jego pogrzeb stał się manifestacją dziesiątków tysięcy mieszkańców Górnego Śląska. W listopadzie 1977 roku jego imię nadano rozgłośni Polskiego Radia w Katowicach.
W 1957 roku „Bery i bojki śląskie” doczekały się wydania książkowego, a w 1977 roku imię „Karlika” z Kocyndra nadano katowickiej rozgłośni Polskiego Radia.
W 1983 roku ustanowiono Nagrodę im. Stanisława Ligonia nadawaną przez Radio Katowice. Kapituła nagrody wyróżnia w ten sposób osoby zasłużone dla regionu śląskiego w działalności kulturalnej, społecznej i politycznej, również w twórczości radiowej.
W 2012 r. podczas jubileuszu 85-lecia istnienia katowickiej rozgłośni, przed jej budynkiem w centrum Katowic, stanęła mosiężna ławeczka z rzeźbą przedstawiającą postać Stanisława Ligonia.