O zakończeniu pracy w Polskim Radiu Marcin Gutowski poinformował w sobotę w audycji „Raport o stanie świata”, na zakończenie swojej korespondencji z Jerozolimy. – To była moja ostatnia relacja dla Programu Trzeciego i dla Polskiego Radia. To też ostatnia okazja, żeby słuchaczom, żeby Państwu, po prostu bardzo podziękować za te niezwykłe 11 lat spędzonych pod najlepszym radiowym adresem na świecie. To był zaszczyt być z Państwem – powiedział.
W Trójce Gutowski prowadził autorskie audycje „Przyciasny beret”, „Znaki zapytania” i „Pępek świata”, od czasu do czasu był też gospodarzem innych programów. Zajmował się tematyką zagraniczną, relacjonował najważniejsze wydarzenia.
Specjalizuje się w zagadnieniach dotyczących Bliskiego Wschodu, relacjonował m.in. wizyty Baracka Obamy w Izraelu oraz pielgrzymki papieskie do Polski i Ziemi Świętej. Napisał książki „Trójka z dżemem – palce lizać. Biografia pewnego radia” o historii tej rozgłośni oraz „Święta ziemia. Opowieści z Izraela i Palestyny” z wywiadami i reportażami.
Współpracował m.in. z TVP Info, TVN24, „Więziami” i „W drodze”.