„Naszym zadaniem będzie szukanie obiektywnej prawdy, a nie przykrawanie faktów do jakiejkolwiek koncepcji politycznej czy historiozoficznej” – deklarowała redakcja nowego czasopisma w artykule wstępnym do pierwszego numeru półrocznika „Zeszytów Historycznych”.
Wyrażano nadzieję, że dzięki zaangażowaniu prenumeratorów uda się przekształcić tytuł w kwartalnik. Ten cel osiągnięto dopiero w 1973 r. Na łamach pierwszego numeru zachęcano do współpracy autorów emigracyjnych i żyjących w komunistycznej Polsce. Ich zadaniem miało być nie tylko nadsyłanie artykułów, ale również relacji i źródeł ważnych dla opisu ostatnich kilkudziesięciu lat polskiej historii.
Jerzy Giedroyc naczelnym „Zeszytów Historycznych” przez prawie 40 lat
„Zeszyty Historyczne” na tle innych czasopism tego rodzaju wyróżniały się osobą redaktora naczelnego – Jerzego Giedroycia – który nie był historykiem. Mimo to jego poglądy na polską historiografię były sprecyzowane i niejednokrotnie bardzo krytyczne. Oceniał, że po II wojnie światowej w kraju została ona całkowicie podporządkowana interesom sowieckim i legitymizacji reżimu w Warszawie.
Zarazem niezwykle krytycznie podchodził do podejmowanych przez autorów emigracyjnych prób podnoszenia morale Polaków przez tworzenie krzepiących „mitów narodowych”. Był jednoznacznym zwolennikiem Szkoły Krakowskiej, której przedstawiciele w XIX wieku uznawali, że przyczyną upadku Rzeczypospolitej były wady ustroju i słabość państwa.
„W pierwszym rzędzie położyliśmy nacisk na […] drukowanie materiałów w sposób żywy, mogący zainteresować każdego, kto interesuje się sprawami Polski, unikając żargonu pseudonaukowego i jałowych przyczynków” – pisano w artykule redakcyjnym po kilku latach od ukazania się pierwszego wydania.
„Zeszyty Historyczne” publikowały Cata-Mackiewicza, Kisielewskiego i Bartoszewskiego
To założenie nie zawsze było realizowane. Na łamy „ZH” trafiały bardzo drobne relacje ważnych świadków historii. Stosowanie tej nowoczesnej metody opisu przeszłości było jednym z pomysłów Jerzego Giedroycia. „To Giedroyc zabiegał o nagrywanie i spisywanie relacji, wspomnień, pamiętników. Dzięki temu zachowały się rzeczy, które bez tego byłyby zapomniane” – wspominał historyk Krzysztof Pomian w audycji na falach Radio France Internationale w czterdziestą rocznicę powołania „Zeszytów Historycznych”.
Bezcenne były także publikowane w „Zeszytach” zbiory dokumentów trafiających zza żelaznej kurtyny. Wśród nich były raporty dotyczące łamania praworządności w stalinowskim sądownictwie wojskowym, sporządzone na fali odwilży w 1956 r., i raporty Najwyższej Izby Kontroli o nadużyciach korupcyjnych w czasie rządów Edwarda Gierka. Zdaniem Giedroycia celem tych publikacji było „usiłowanie rzucenia trochę światła na te sprawy i uniemożliwienie wariantów orwellowskich”. Giedroyc zwracał uwagę na stylistykę nadsyłanych artykułów. Promował autorów potrafiących ciekawie opowiadać o historii.
W kolejnych dziesięcioleciach na łamach „Zeszytów Historycznych” coraz więcej miejsca zajmowała historia PRL. Były to artykuły przysyłane z kraju, m.in. autorstwa Stanisława Cata-Mackiewicza, Stefana Kisielewskiego i Władysława Bartoszewskiego. W latach osiemdziesiątych w „Zeszytach” drukowano teksty i fragmenty większych prac badaczy dziejów PRL publikujących w drugim obiegu. Pod inicjałami „A.P.” ukrywał się Andrzej Paczkowski, „ZK” – Andrzej Friszke, a jako „Natalia Naruszewicz” podpisywał się Leszek Moczulski. W 1989 r. Maria Turlejska opublikowała sensacyjny artykuł poświęcony mechanizmom terroru stalinowskiego, którego podstawą źródłową były dokumenty przekazane jej przez Władysława Gomułkę. Coraz częściej w „ZH” publikował Norman Davies i historycy zajmujący się dziejami Europy Środkowej – Daniel Beauvois, György Gömöri i Bohdan Osadczuk.
Redakcja „Zeszytów Historycznych” z nagrodą od prezesa IPN
Redaktor Jerzy Giedroyc stał na czele „Zeszytów Historycznych” do końca życia. W 2000 r. jego obowiązki przejęła Zofia Hertz (od września 2000 do śmierci 20 czerwca 2003), a od czerwca 2003 do 2009 r. pismo redagował Jacek Krawczyk. Ostatni 171. numer czasopisma ukazał się w czerwcu 2010 r. Decyzję o zakończeniu wydawania „ZH” podjął młodszy brat Jerzego Giedroycia – Henryk, który od 2003 r. był kierownikiem Instytutu Literackiego.
W liście do autorów napisał: „W Polsce rozwija się nieskrępowana nauka historyczna, można publikować wszystko, archiwa są dostępne. +Zeszyty Historyczne+ spełniły swą rolę i mamy nadzieję, że nie zaistnieje nigdy więcej sytuacja, w której znów trzeba będzie na emigracji szukać przestrzeni wolności do badań i publikacji. Ma się rozumieć, że decyzję tę podjęliśmy nie bez smutku i nie bez nostalgii”. Henryk Giedroyc nie doczekał wydania ostatniego numeru – zmarł 21 marca 2010 r. w Maisons-Laffitte.
W ostatnim numerze ukazały się jego notatki z pobytu w Rumunii w latach 1939-1940 oraz wspomnienie o jego działalności. Kilka miesięcy wcześniej prezes Instytutu Pamięci Narodowej Janusz Kurtyka uhonorował zespół redakcyjny kwartalnika „Zeszyty Historyczne” nagrodą Kustosza Pamięci Narodowej.
„Jest rzeczą wielce zaszczytną dla państwa polskiego i naszego Instytutu, że możemy nagradzać tych, którzy w czasach, kiedy bardzo trudno było przypominać naszą historię, podejmowali ten trud i którzy społecznie zastępowali na tym polu instytucje państwowe” – powiedział prezes IPN na Zamku Królewskim w Warszawie.