Kowalczyk zastąpił Martynę Bundę, która jest teraz jego zastępcą. Dotychczas był redaktorem wydań.
Jacek Kowalczyk do zespołu „Polityki” dołączył w połowie 2010 roku. Od lipca 2007 roku do grudnia 2009 roku był redaktorem naczelnym tygodnika „Przekrój”. Wcześniej – od kwietnia 2002 roku – zajmował stanowisko zastępcy naczelnego tego tytułu. Karierę dziennikarską rozpoczął w „Tygodniku Solidarność”. Niemal od początku istnienia „Gazety Wyborczej” do 1995 roku był w niej sekretarzem redakcji, później objął w strukturach Agory stanowisko dyrektora. Po odejściu z Agory przez siedem lat pracował w agencji reklamowej.